嘉峪关市疾控中心食品中微生物及其致病因子菌株测序招标公告

序号

物品名称

规格/型号/参数

单位

数量

备注

1

10株致病菌测序ont平台完成图

1、 原始测序数据的质控;

2、 高质量数据获取;

3、 基因组序列拼装与分析;

4、 蛋白编码基因预测;

5、 质粒序列比对;

6、 非编码 RNA 预测;

7、 其他非编码RNA 预测;

8、 CRISPRs 预测;

9、 重复序列预测;

10、 原噬菌体预测;

11、 基因岛预测;

12、 致病菌毒力因子（VFDB）分析;

13、 抗生素抗性（CARD）分析;

14、 碳水化合物活性酶（CAZy）分析;

15、 信号肽预测;

16、 跨膜螺旋预测;

17、 蛋白编码基因的序列比对;

18、 蛋白编码基因的 GO 注释;

19、 蛋白编码基因的eggNOG 注释;

20、 蛋白编码基因的 KEGG 注释;

21、 蛋白编码基因的 Swiss-Prot 注释;

22、 Pfam注释;

23、 TCDB 注释;

24、 PHI 注释;

25、 基因组圈图绘制;

26、 MLST分析;

份

10

每个菌株双端下

机原始数据数据

量3G左右,ont平

台厂家出具原厂

证明

2

50株致病菌测序框架图

1、 原始测序数据的质控;

2、 高质量数据获取;

3、 基因组序列拼装与分析;

4、 蛋白编码基因预测 ;

5、 非编码 RNA 预测 ;

6、 其他非编码 RNA 预测 ;

7、 CRISPRs 预测 ;

8、 蛋白编码基因的序列比对;

9、 蛋白编码基因的 GO 注释 ;

10、 蛋白编码基因的 eggNOG 注释 ;

11、 蛋白编码基因的 KEGG 注释 ;

12、 蛋白编码基因的 Swiss-Prot 注释;

13、 致病菌毒力因子分析;

14、 抗生素抗性（CARD）分析;

15、 fusA基因;

份

50

每个菌株双端下

机原始数据数据

量1.5G左右,二代

测序平台厂家出

具原厂证明

3

10份样品中真菌菌群分析（ITS扩增子测序）

胡椒、花椒、辣椒、孜然及其粉制品

份

10

测序平台厂家出

具证明

中标商提供测序数据按时交给嘉峪关市疾病预防控制中心，若中标商提供测序数据及分析不合格，中标商

需免费再次测序，直到数据满意可以正常使用为止。